Mit dem Einsetzen der Reformation im frühen 16. Jahrhundert begann das Ende des Klosters Reinbek. Über die Umstände der Auflösung des Klosters und seine Wiederentdeckung berichtet Eckart Bünning:
Die Reformation gewann im Kloster durch evangelische Prediger und lutherische Schriften rasch Anklang. Johannes Bugenhagen schrieb 1528 an Martin Luther, dass die Nonnen, abgesehen von Kleidung und Gesang, wenig Nonnentum an sich hätten. Die damalige Äbtissin von Plessen berichtete Bugenhagen, dass sie schon sieben Nonnen in die Ehe entlassen hätte, und sie wolle solange bleiben, bis alle Nonnen versorgt seien.
Bevor die Nonnen das Kloster verließen, um zu ihren Familien zurückzukehren, verkauften sie das Kloster einschließlich aller sonstigen Besitztümer für 12.000 Mark an Herzog Friedrich I.
In einer Erklärung vom 7. April 1529 nannten sie als Grund für diesen Schritt, sie seien als Kinder gegen ihren Willen ins Kloster gegeben worden. Durch das Lesen der Heiligen Schrift sei ihnen nunmehr klar geworden, dass ihr Leben im Kloster nicht den Forderungen der Evangelien an ein christliches Leben entspräche.
Weshalb sich der Adel nicht gegen die Auflösung stemmte, ist nicht bekannt, könnte aber auf die Erstmaligkeit eines solchen Vorgangs und die Geheimhaltung der Verkaufsverhandlungen zurückzuführen sein.
Die Aneignung der auf seinem Gebiet gelegenen acht klostereigenen Dörfer durch Herzog Magnus von Lauenburg löste einen Prozess vor dem Reichskammergericht aus, der nicht weniger als 150 Jahre andauern sollte. 1534, nach dem Auszug der Nonnen, wurde das Kloster im Zuge der Grafenfehde geplündert und verwüstet.
Bodenfunde zum ehemaligen Kloster
Damit wurde es lange Zeit still um das Kloster Reinbek, bis 1976 die Kanalisation durch den nördlichen und westlichen Teil des Schlossgeländes verlegt wurde. Ein Bagger hob einen Graben für die Rohrleitungen aus, dort von der Mauerecke des Bauerngartens bis hinauf zu den Kiefern auf dem Wirtschaftshof. Der Graben durchquerte einen alten Friedhof. Links und rechts in der Grabenböschung steckten 1,2 m unter der Oberfläche Reste von Holzsärgen. Sie konnten nur aus der Klosterzeit stammen. Die bürgerlichen Einwohner wurden auf dem Friedhof bei ihrer Kirche in Kirchsteinbek bestattet. Das Landesamt für Vor- und Frühgeschichte wurde in Kenntnis gesetzt. Ein Experte besichtigte die Ausgrabungsstätte und erstellte halbherzig ein wenig aussagendes Gutachten und bestätigte letztendlich die vorgefundene Situation.
Einigen interessierten Bürgern war dies nicht ausreichend. Mit stillschweigender Duldung des Amtes machten sie weitere Grabungen, alleine schon, um möglichst den Umfang des Friedhofes festzustellen. Es konnten noch einige weitere Sargreihen freigelegt werden. Auch zur Westseite konnte der Graben nicht erweitert werden. Dort war die Schlossmauer und außerhalb anschließend das Pflaster der Ladestraße. Nach Norden war im Wirtschaftshof der Untergrund mehrfach bewegt und durcheinander gebracht worden, so dass dort keine Reste nachgewiesen werden konnten.
Es ergab sich, dass der Friedhof in der Nord- Südausdehnung mindestens 25 Meter aufwies. Bis zu 18 Grabstellen lagen nebeneinander. Im Westen stand früher an der Ladestraße ein Wohngebäude der Eisenbahn, bei dessen Bau 1901 die Bergedorfer Zeitung berichtete, dass im Untergrund Gebeine gefunden wurden. Möglicherweise hat der Klosterfriedhof bis dorthin gereicht. Das wären mindestens 40 Meter in der Ost-West-Ausdehnung.
Ein Sarg konnte freigelegt werden, bei dem anstelle des Bodens und der Stirnwände lediglich einige Rundhölzer eingefügt waren. Es war eine sehr seltene ungewöhnliche Bestattungsart. Nachfragen beim Landesamt in Schleswig und bei den Lübecker Archäologen ergaben, dass eine solche Ausführung von anderen Orten in Schleswig-Holstein nicht bekannt sei. Schließlich erfuhren wir im Amt für Vor- und Frühgeschichte in Hamburg-Harburg von einem ähnlichen Fund in einer Kirchwarft im Alten Land. Der Sarg wird aus Kostengründen so angefertigt worden sein.
Es stellt sich für den Reinbeker Klosterfriedhof die Frage nach Grabbeigaben. Tatsächlich haben wir in einem Sarg einen kleinen Kelch, 8 cm hoch und von gleichem Durchmesser gefunden, der aus Kerzenwachs geformt war. Wenige Stoffreste in Verbindung mit Knochenresten von einer sarglosen Bestattung wurden ebenfalls gefunden.